Verhaeghen, die op 16 juni 1962 tot priester was gewijd, was als jonge onderpastoor in de parochie Sint-Egidius een man van de vernieuwing.

Geïnspireerd door de openheid van het Tweede Vaticaans Concilie, botste hij al snel met de conservatieve krachten binnen de kerk, vertegenwoordigd door pastoor De Brouwer en later ook bisschop Van Peteghem.

Het conflict kwam tot een kookpunt toen Verhaeghen voorstelde om geld te investeren in de parochiale jeugdlokalen, die in erbarmelijke staat verkeerden.

De gevestigde orde wilde de fondsen liever aanwenden voor een nieuwe marmeren vloer in de Sint-Gilliskerk.

Deze tegenstelling, samen met klachten over zijn vriendschap met de progressieve priester Frans Wuytack en een vermeende “flirterige houding”, leidde tot een openlijke strijd.

Er ontstond een actiecomité dat Verhaeghen steunde.

Maandenlang werden er in de parochie protesten georganiseerd en pamfletten verspreid, waarbij meermaals de oproerpolitie moest ingrijpen.

De situatie escaleerde zozeer dat hulpbisschop Leo De Kesel, die Verhaeghen adviseerde om naar een ander bisdom over te stappen, enige tijd later zelf door de politie moest worden ontzet tijdens een vormselviering die door protesten werd verstoord.

In mei 1969 aanvaardde Verhaeghen uiteindelijk zijn overplaatsing naar Nieuwkerken-Waas, waarmee een einde kwam aan de protesten in Sint-Egidius.

De rust was echter van korte duur. Ook in zijn nieuwe parochie bleven er problemen met zijn handelwijze, wat in 1970 leidde tot zijn ontslag.

Deze autoritaire en eenzijdige beslissing lokte kritiek uit van meerdere collega-priesters.

Na zijn ontslag verhuisde Verhaeghen naar Stekene, waar hij later als priester met rust ging.

Zijn laatste levensjaren bracht hij door in een rusthuis in Nieuwkerken-Waas, waar hij in juli 2014 op 79-jarige leeftijd overleed.

De hele kwestie, die diepe sporen naliet, werd in 2019 gereconstrueerd door schrijver Louis Van Dievel in het boek “De Onderpastoor”.