Mortier was de zoon van een bakker uit het Gentse Muidekwartier.

Hij doorliep de middelbare school aan het Sint-Barbaracollege in Gent, waarna hij het diploma van doctor in de rechten en een licentiaat in de Communicatiewetenschappen behaalde aan de Rijksuniversiteit Gent.

Op 25 augustus 1970 publiceerde hij zijn aanklacht tegen het Gentse operabeleid “De koninklijke Opera van Gent: Een Vlaams Kultuurschandaal!” in het blad Jeugd-Opera.

Daarin pakte hij de directeur van de opera en het stadsbestuur zwaar aan. Hij bepleitte de oprichting van een “Opera van Vlaanderen”.
Mortier werd bekend als opera-intendant bij De Munt in Brussel (1981-1991.

Hij werkte verder ook als directeur van de Salzburger Festspiele (1992-2001 en in de Opéra National de Paris (2004-2008).

Tijdens zijn loopbaan kreeg Mortier tal van eerbewijzen, onder andere een eredoctoraat van de universiteiten van Antwerpen en Salzburg, en in februari 2005 de Prijs van de Vlaamse Gemeenschap voor Algemene Culturele Verdienste 2004 voor zijn hele oeuvre.

Daarnaast was hij ook lid van de Akademie der Künste in Berlijn.
Hij werd in 2007 in de adelstand verheven met de titel van baron.

In 2009 zou Mortier beginnen als intendant bij de New York City Opera.

Toen het jaar voordien echter bleek dat Mortier niet de middelen ter beschikking zou krijgen die hem waren beloofd, bedankte hij voor de job.

Zijn laatste opdracht volbracht hij vanaf 2010 als intendant bij het Teatro Real in Madrid.

Hij werd daar, ondanks een contract tot 2016, in 2013 ontslagen. Uiteindelijk mocht hij nog een jaar aanblijven als adviseur.

In het voorjaar van 2013 werd bij Mortier tijdens een routinecontrole pancreaskanker vastgesteld.

‘In één dag veranderde mijn leven’, zei hij daarover eind vorig jaar in een interview in De Standaard. ‘Ik deel mijn ervaringen, zonder ze op te dringen.

Wat je nog mee te delen hebt als het einde in zicht is: het is een vraag waar je automatisch bij uitkomt.’

Gerard Mortier is 70 jaar geworden.